La entidad, en ese entonces Museo Naval Arturo Prat, nació en 1915, a bordo del Huáscar, en Talcahuano. En rigor, la historia es anterior: en 1909 los socios del Círculo Naval (hoy Club Naval) hicieron un proyecto: Museo Naval. En 1917 ocupó una dependencia en Valparaíso bajo la administración de Lautaro Rosas. Luego, fue de sede en sede (también Viña del Mar). Incluso en un edificio que compartía piso con un ring de boxeo, en Parque Italia. Hasta que el almirante José Merino ordenó su traslado -como Museo Naval- donde hoy opera.